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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
14/03/2016 |
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Data da última atualização: |
22/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
LUÍS FELIPE V. FERRÃO, UFV; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; GUILHERME PENA, UFV; EUNICE M. ZAMBOLIM, UFV; COMES D. CRUZ, UFV; LAÉRCIO ZAMBOLIM, UFV; MARIA AMELIA GAVA FERRAO, SAPC; NEY S. SAKIYAMA, UFV. |
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Título: |
New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Breeding, v. 35, n. 1, p. 2-5, jan. 2015. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Microsatellite markers (SSR) have broad utility in genetic studies due to a high rate of polymor-phisms, a codominant nature and multiallelism. EST?SSRs are markers derived from the expressed sequences of a genome and represent transcribed genes. Despite the importance of the genus Coffea , only a small number of EST?SSR markers are currently available. Thus, this study was designed to mine and develop a new set of EST?SSR markers from the Brazilian Coffee Genome Project. We investigated 130,792 expressed sequence tags (ESTs), from which 24,031 DNA sequences with microsatellites were identified. After stability and amplification testing, 101 new EST?SSR markers were developed and analyzed in different coffee species. The average rate of transferability was 88 %, showing that these markers are useful in genetic studies across the genus Coffea. Polymorphism levels and the degree of diversity were consistent with the evolutionary history of the species. All coffee genotypes were discriminated, even the C. arabica genotypes that have known narrow genetic basis. It was also possible to locate 14 EST? SSRs into different linkage groups of the C. arabica genetic map, which demonstrate that these markers can be useful in QTL mapping studies and in molecular-assisted selection. |
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Palavras-Chave: |
Brazilian Coffee Genome Project; Microsatellites. |
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Thesagro: |
Coffea Arábica. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea; Genetic markers. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/141110/1/New-EST-SSR-markers.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 25 | |
| 1. |  | FERRÃO, L. F. V.; SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Estudo comparativo do nível de polimorfismo e informatividade acessado pelos marcadores RAPD, AFLP e SSR, no estabelecimento de relações genéticas em Coffea canephora. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 2. | | CASTRO, C. M.; FERRÃO, L. F. V.; ROHR, A.; PINHEIRO, N. L.; PEREIRA, A. da S.; GARCIA, A. A. F. Population structure of potato breeding germplasm from Embrapa-Brazil assessed with single nucleotide polymorphism (SNP) markers. In: CONGRESO DE LA ASOCIACION LATINOAMERICANA DE LA PAPA - ALAP, 28., 2018, Cusco, Peru. Abstract Book 10th: Congress: Biodiversity, Food Security and Business. Instituto Nacional de Innovación: Agraria-INIA. Cusco, Perú, 2018. p. 123| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 4. | | FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; GARCIA, A. A. F. Mixed model to multiple havest-location trial applied to genomic prediction in Coffea canephora. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego, CA: [s.n.], 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 5. | | FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; CARBONETTO, P.; SLEPHENS, M.; FRANCO, A. A. Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. Heredity, v. 122, p. 261-275, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 6. | | SOUZA, F. de F.; FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SAKIYAMA, N. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de. Aspectos gerais da biologia e da diversidade genética de Coffea canephora. In: MARCOLAN, A. L.; ESPINDULA, M. C. (Ed.). Café na Amazônia. Brasília, DF: Embrapa, 2015. Cap. 4, p. 84-98..| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Rondônia; Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | AZEVEDO, C. F.; FERRÃO, L. F. V.; BENEVENUTO, J.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; MUNOZ, P. R. Using visual scores for genomic prediction of complex traits in breeding programs. Theoretical and Applied Genetics, v. 137, n. 1, 2024. 16 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 8. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SOUZA, F. de F.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZABOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Comparative study of different molecular markers for classifying and establishing genetic relationshps in Coffea Canephora. Plant Systematics and Evolution, Springer Verlag, New York, v. 299, p. 225-238, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Rondônia; Embrapa Semiárido. |
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| 9. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRAO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. Plant Systematics and Evolution, v. 300, n. 7, p. 1649-1661, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Rondônia; Embrapa Semiárido. |
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| 10. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Diversidade genética de genótipos de café canéfora por meio de marcadores microssatélites. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 11. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Diversidade genética de genótipos de café canéfora por meio de marcadores microssatélites. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 12. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S. New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. Molecular Breeding, v. 35, n. 1, p. 2-5, jan. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 13. | | FERRÃO, R. G.; FORNAZIER, M. J.; FERRAO, M. A. G.; PREZOTTI, L. C.; FONSECA, A. F. A. da; ALIXANDRE, F. T.; FERRÃO, L. F. V. Estado da arte da cafeicultura no Espírito Santo. In: SEMINÁRIO PARA A SUSTENTABILIDADE DA CAFEICULTURA, 2008, Alegre, ES. 29-47| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 14. | | FERRÃO, R. G.; VOLPI, P. S.; FERRAO, M. A. G.; VERDIN FILHO, A. C.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, L. M. V.; FERRÃO, L. F. V. Melhoramento genético para obtenção da cultivar marilândia es 8143, variedade clonal de café conilon tolerante a seca. Multi-Science Research, v. 1, n. 1, p. 2-18, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 15. | | PÉREZ-JARAMILLO, J. E.; CARRIÓN, V. J.; BOSSE, M.; FERRÃO, L. F. V.; HOLLANDER, M. de; GARCIA, A. A. F.; RAMIREZ, C. A.; MENDES, R.; RAAIJMAKER, J. M. Linking rhizosphere microbiome composition of wild and domesticated Phaseolus vulgaris to genotypic and root phenotypic traits. The ISME Journal, v. 11, p. 2244-2257, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 16. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; CRUZ, C. D. Molecular diversity in Coffea canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 13, p. 221-227, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Semiárido. |
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| 17. | | CARVALHO, H. F.; FERRÃO, L. F. V.; GALLI, G.; NONATO, J. V. A.; PADILHA, L.; MALUF, M. P.; RESENDE JR., M. F. R. de; FRITSCHE-NETO, R.; GUERREIRO-FILHO, O. On the accuracy of threshold genomic prediction models for leaf miner and leaf rust resistance in arabica coffee. Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 1, 2023. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 18. | | FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; TÓFANO, J. L.; FONSECA, A. F. A. da; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; MENDONÇA, R. F. de; GUARÇONI, R. C.; FERRÃO, L. F. V. Avaliação de clones de café conilon de maturação intermediária no sul do Estado do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 19. | | FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; TOFANO, J. L.; FONSECA, A. F. A. da; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; FERRÃO, L. F. V.; MENDONÇA, R. F. de; GUARÇONI, R. C. Avaliação de clones de café conilon de maturação tardia no sul do Estado do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 20. | | DIAS, K. O. das G.; PASTINA, M. M.; GUIMARAES, P. E. de O.; SANTOS, J. R. P. dos; KRAUSE, M. D.; FERRÃO, L. F. V.; GARCIA, A. A. F. Application of multi-environment bayesian models to study genotype-by-environment interaction in maize. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz do Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Foz do Iguaçu: SBMP, 2017. p. 149.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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